地理信息系统工程乙级资质办理的申请材料清单如下：
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测绘资质申请书：申报单位自行出具，需上传原件扫描件。
法人资格证明：企业法人营业执照或事业单位法人证书，需上传原件扫描件。
办公场所证明：办公场所房产证或租赁合同及房产证，需上传原件扫描件。
负责人相关材料：单位负责人身份证、任用或聘用文件、简历，均需上传原件扫描件。
专业技术人员材料：
专业技术人员身份证、学历证书、学信网学籍在线验证报告或学校出具的证明。
专业技术人员职称证书、职称评审结果文件或公示网址。
劳动合同。
近 3 个月社会保险缴纳证明，退休人员提交退休证明，军人转业提供转业证明材料。
技术装备材料：
仪器设备所有权材料，如购买发票、调拨单等。
应用软件发票或软件产品登记证书或软件著作权证书。
安全保障措施材料：
设立测绘地理信息安全保密工作机构文件。
从事涉密测绘业务并签署保密责任书的人员清单。
涉密人员岗位培训证书。
测绘地理信息安全保密管理制度。
单位内部涉密测绘成果使用流程规章制度。
明确涉密成果使用责任人及岗位等文件资料。
单位涉密成果使用台账。
涉密设备及照片清单。
涉密测绘外业安全保密管理制度。
涉密外业人员及设备清单。
技术和质量保证体系材料：
设立技术和质量管理机构文件。
技术和质量管理工作主管领导、技术和质量机构负责人的任命文件。
质检人员的任命文件。
技术管理制度、质量检查管理制度、人员培训与岗位管理制度、测绘设备检定校准管理制度。
测绘成果及资料档案管理制度材料：测绘成果及资料档案管理制度、管理机构及人员情况、管理设施说明，均需上传原件扫描件。