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根据《住房城乡建设部办公厅关于做好有关建设工程企业资质证书换领和延续工作的通知》（建办市〔2023〕47 号）规定，水利工程行业设计丙级资质需向住房和城乡建设部申请换领乙级资质。以下是一般的换领流程：
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登录申报系统：企业登录住房和城乡建设部政务服务门户，找到 “建设工程设计企业资质认定（新申请、增项、升级、重新核定）” 事项，进入后选择换证事项进行申报。
导出数据包并发送：申报完成后将申报材料电子数据包（zbb 格式）导出，并发送至企业所在地省建设厅政务服务中心指定工作邮箱，同时注明企业名称及申请换领的资质事项。
省厅上传数据包：省建设厅政务服务中心负责将收到的电子数据包上传至 “建设工程企业资质审查软件”，由住房城乡建设部行政审批集中受理办公室进行受理。
领取乙级资质证书：申请通过后，企业需按照当地建设主管部门的通知，携带相关材料（如证书注销领取单、原资质证书、营业执照等）至指定地点领取有效期为 1 年的乙级纸质资质证书。
不同地区可能会有一些细微差异，如重庆市要求企业登陆建设工程企业资质申报软件进行申报，生成数据包后交市住房城乡建委转报至指定邮箱。建议企业关注当地建设主管部门发布的相关通知，按照具体要求进行操作。