如果企业发生了重大安全事故，这不仅可能影响到企业的安全生产许可证，也可能对地质灾害防治单位资质产生负面影响。具体影响取决于事故的严重程度、企业的责任以及地方和国家的相关法律法规。
根据《安全生产许可证条例》和相关的安全生产管理规定，一旦发生安全事故，特别是重大或特别重大的安全事故，可能会导致以下后果：
1. **安全生产许可证**：如发生一次死亡3至9人的安全事故或者一年内发生安全事故累计死亡3人以上（含3人），安全生产许可证可能会被暂扣60天至90天；若发生一次死亡10人以上的安全事故或一年内发生两起及以上一次死亡3至9人生产安全事故等更为严重的情况，安全生产许可证可能会被吊销。
2. **地质灾害防治单位资质**：虽然直接针对地质灾害防治单位资质的具体处罚措施没有详细列出，但可以推测，由于地质灾害防治工作的特殊性和高风险性，发生重大安全事故后，相关部门会对该企业的安全管理能力进行全面审查。如果发现企业管理不善、存在重大安全隐患等问题，自然资源主管部门有权采取如下措施：
- 暂停该企业承接新的地质灾害防治项目。
- 要求企业限期整改，并在整改合格前不得继续从事相关工作。
- 在极端情况下，尤其是当事故表明企业无法满足原资质条件时，可能会降低其资质等级甚至撤销资质证书。
此外，企业还可能面临法律诉讼、经济赔偿和社会信誉受损等多方面的影响。因此，确保安全生产，预防事故发生是任何从事地质灾害防治工作的企业都必须高度重视的任务。企业应建立健全的安全管理体系，加强员工安全培训，严格执行安全生产标准，以减少事故发生的风险。