番茄病毒的传播途径主要是田间农事操作（如打杈、整枝等）和蚜虫、烟粉虱危害，因此防治番茄病毒病，采用以农业防治为主的综防措施。
一、农业防治措施
1、种植抗病品种，种植嫁接苗。种植抗病品种是防治番茄病毒病的主要措施之一，但目前生产上推广的番茄品种多数为感病品种，因此播前进行种子消毒尤为重要，播种前用清水浸种3～4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸40～50分钟，捞出后用清水冲净后再催芽播种。
2、实行轮作换茬。避免多年连作，减少西红柿病毒病土壤和残留物的传毒，减轻病毒病的发生。
二、生物防治措施
发现病毒病病株后，第一天用《TY病毒1号》375倍+红糖150倍+硫酸锌300倍+硝酸钙300倍喷雾或灌根。第三天用《TY病毒1号》375倍 +维C 400倍+葡萄糖酸钙400倍喷雾或灌根。第五天用《TY病毒1号》375倍+红糖150倍喷雾或灌根。第七天：《TY病毒1号》375倍+红糖150倍+硫酸锌300倍+硝酸钙300倍喷雾或灌根。