在外界激振力作用下，介质棒作散开聚合的抛掷运动。介质棒自身做同向运转，介质棒群做公转。内外层介质棒不断交换位置，两两介质棒不断冲撞、挤压剪切物料，使物料被挤破剪断。颗粒由大到小不断被破碎。在破碎过程中，较大颗粒先受力，先被破碎。
由工作原理可知，植物细胞群组成的颗粒，无论是由大细胞组成的颗粒，还是由小细胞群组成的颗粒，只要其整体尺寸相当，其受挤压，冲击的机会是均等的。即在药材的粉碎过程中，不论大细胞群还是小细胞群只要其整体尺寸相当其被粉碎的几率是相同的。
粉碎过程全密闭不分级方式（药物成分的保存）
众所周知中药成分复杂，包括生物碱，甙，挥发油，有机酸，黄酮等，这些有效成分往往存在于药物的不同部位中，如人参皂甙在皮层含量高于芯材，而芯材中淀粉含量高,在粉碎时芯材粉碎易于皮层，若采用选择时药物中的挥发性成分也会在气力分级中随大量气体带走。
平原县超微粉碎机在设计之初就考虑到中药成分的多样化及复杂性，在粉碎工艺上采用多磨不筛的方法，利用第三代振动磨粉碎理论（选择性粉碎大粒子），全密闭操作不分级，防止成分偏析及损失。