1.按微生物菌剂制品中特定的微生物种类分为细菌菌剂、放线菌菌剂(如抗生菌类)、真菌菌剂(如菌根真菌类)、固氮蓝藻菌剂等。
2.按微生物菌剂制品内含物可分为单纯的微生物菌剂和复合(或复混)微生物菌剂等.例如,金宝贝微生物菌剂属于真菌菌剂,固氮类菌剂和复合微生物菌剂。
3.按微生物菌剂作用机理分为根瘤菌类菌剂、固氮菌类菌剂、解磷菌类菌剂、解钾菌类菌剂。
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