在吉尔吉斯斯坦注册公司时，需要对以下文件进行公证：
1.股东身份证明文件：
自然人股东需准备护照复印件，且需经过公证和认证。非俄语文件需经翻译。
若股东为中国公司，需提供营业执照、公司章程，且这些文件需经双认证（+吉驻华使馆）。
若股东为香港公司，要准备法人护照、地址证明、POA授权书、营业执照、企业章程。
2.董事身份证明文件：需提供董事的护照复印件，且需经过公证和认证。非俄语文件需经翻译。
3.公司章程：需提供公司章程，且需经过公证和认证。非俄语文件需经翻译。
4.注册地址证明：需提供注册地址租赁协议，且需房东出具同意注册的公证声明。
5.股东会决议：如为股份制公司，需提供股东会决议原件。
6.国家注册证书副本：如果参与者是法人实体，需提供国家注册证书副本，且需经过公证和认证。
7.法人实体负责人的护照复印件：如果参与者是法人实体，需提供法人实体负责人的护照复印件，且需经过公证和认证。