1、存在尚未抵扣的留抵税额
很多企业在注销前往往销售额都不多，销项税额也不多，但是可能由于前期的产生的进项税额较多，在注销前都有大量的留抵税额。
但企业可以在注销前将相当于该部分进项税额的货物分配给股东，按照视同销售，计算销项税额。或者销售给其他企业，产生销项税额，注意尽量在注销时减少留抵税额。
2、注销前账面上仍有存货
一般纳税人终止生产经营，办理注销税务登记，要先办理一般纳税人注销，如果尚有未曾出售的存货，则会分配给股东或投资者，作为出资的收回或利润的分配。
某一般纳税人企业，商贸批发行业，2017年年底，不想经营了，准备注销。但是账面还有10万元的存货，市场价(不含税)为 12万元。税务上怎么处理呢？
根据《增值税暂行条例实施细则》规定:“将自产、委托加工或购买的货物分配给股东或投资者”属于视同销售行为。
注销时，需按市场价12万缴纳增值税，应交增值税为12万乘以适用税率。
3、注销前有未缴纳的印花税
印花税作为一个小税种，平时在大家眼里无甚存在感！但企业注销时，它却是必查项目!企业成立以来的重大合同，均会进行印花税审核，实收资本、资本公积，租售，购销合同都是检查重点!注销前，仔细检查一 遍，该补的赶紧补！
4、注销前有尚未清偿的债务
公司依法定程序进行注销，要成立清算组进行公告清理债权债务。如果经公告，在45天内，债权人没有申请债权视为自动放弃。如果没有公告，没有进行清算，即使公司注销，债务也不会消灭，债权人有权继续主张。
在税务处理上，如果公司的债权人放弃债权，应该计入“营业外收入”，根据利润情况缴纳企业所得税。
5、注销前有尚未收回的款项
假如公司借款给股东，一直未归还，也没有用于生产经营的，应当依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税，税率为20%。
假如借款给员工，且未用于生产经营，超过一年(或年度终了)未还，应按“工资、薪金所得”计征个人所得税，由企业履行代扣代缴义务。
对于其他确实无法收回的款项计入“营业外支出一-坏账损失”在企业所得税前列支。
注：企业注销前一定要先自查是否存在留抵税额，存货的结余情况，企业的债权债务以及是否有未缴纳的印花税，否则注销时将面临涉税风险。