1、节约能源：常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。相比而言，一般可节电30％-50%。
2、受热均匀：常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部。存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。而微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到微波作用生热，所以消毒杀菌均匀、彻底 。
3、操作简单：微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。
4、简单易操控：与常规消毒杀菌相比，微波杀菌设备不需要锅炉、复杂的管道系统、煤厂和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可。