微波杀菌时间短、速度快：微波杀菌是微波能与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温杀菌作用，处理时间大大缩短，各种物料的杀菌作用一般在3-5分钟。微波杀菌属于低温杀菌，与常规热力杀菌比较，在比较低的温度和较短的时间就能获得所需的消毒杀菌效果。一般杀菌温度在75-80℃就能达到效果，所以能够保持食品的营养成份和传统风味。
但微波加热具有选择性，即使在相同的微波场中，不同的食品材料都存在温升的差异，造成加热不均匀；微波杀菌不适用于金属容器和镀铝或铝复合袋的食品。微波杀菌适用于要求杀菌温度低杀菌时间短的产品，可对已包装、未包装的不同物品进行灭菌加工处理，可用于：
粮食制品类：面包、月饼、面条、豆腐、豆腐干等。
蔬菜类：泡菜、竹笋、香菇类等。
奶制品、调味品、香精香料、方便面汤料、火锅调料及各种液体等均可杀菌加工。