采用环氧乙烷灭菌器灭菌时，灭菌柜内的温度、湿度、灭菌气体浓度、灭菌时间是影响灭菌效果的重要因素。可采用下列灭菌条件:
环氧乙烷浓度 450-1200mg/L 相对湿度50%-80%
温度 37-63℃ 灭菌时间90-300min
装载时物品相互之间应保持10mm的间隙，且装载量不可超过内室容积的80%，以利于环氧乙烷气体的顺畅流通。按照卫生部《医疗卫生机构消毒技术规范》要求，灭菌物品中残留环氧乙烷应低于10mg/kg。
环氧乙烷具有易燃、易爆性。当空气中含有3%环氧乙烷时，形成爆炸性混合气体，遇明火即可发生燃烧或爆炸。因此，灭菌器及气罐务必远离火种火源(如火柴、烟头及易闪现静电、火花的电气场所)。如发生燃烧，可喷水或使用泡沫灭火剂、二硫化碳灭火剂、干粉灭火剂;若不能及时堵漏，应任其燃烧，并将容器转移出火场。环氧乙烷具有中度毒性，大量急性吸入或慢性吸入环氧乙烷、眼睛接触环氧乙烷、皮肤接触环氧乙烷以及消化道接触环氧乙烷，都对人体有很大危害。
环氧乙烷灭菌器虽有很多优点，但亦有不足之处。如液体类物品不能用环氧乙烷灭菌，具有潜在易燃性的物品装置不能用环氧乙烷灭菌，食品和多数药品不宜采用环载乙烷灭菌。致密性粉状物灭菌效果难以保证，灭菌时间较长。
